Duzentos anos após os acontecimentos que levaram à sua morte, a tenente Ellen Ripley é trazida de volta à vida por meio de um experimento de clonagem realizado por cientistas militares a bordo da nave USM Auriga. O objetivo dos pesquisadores é recuperar a rainha alienígena que estava dentro dela e utilizar os xenomorfos como armas biológicas. Entretanto, o processo de clonagem mistura o DNA de Ripley ao da criatura, fazendo com que ela desenvolva características incomuns e uma estranha ligação com os alienígenas. Quando os xenomorfos escapam do confinamento e começam a dizimar a tripulação da nave, Ripley se une a um grupo de mercenários e contrabandistas para impedir que as criaturas cheguem à Terra. Em uma corrida contra o tempo, eles precisam enfrentar uma ameaça cada vez mais mortal antes que uma nova infestação coloque a humanidade em risco. 

Uma curiosidade interessante é que o roteiro do filme foi escrito por Joss Whedon, que anos depois se tornaria mundialmente famoso por criar a série Buffy, a Caça-Vampiros e dirigir o primeiro filme de Os Vingadores da Marvel. Além disso, esta foi a quarta aparição de Sigourney Weaver como Ripley, personagem considerada uma das maiores heroínas da história da ficção científica. Para retornar à franquia, a atriz exigiu que sua personagem apresentasse mudanças significativas em relação aos filmes anteriores, o que levou à ideia da clonagem e da fusão genética com os alienígenas.