Altered se passa num futuro distópico em que humanos geneticamente modificados e aprimorados detém o poder da humanidade. Do outro lado da balança estão os chamados Especiais, pessoas marginalizadas que não tiveram acesso ao caro aprimoramento genético. Leon e Chloe fazem parte desse humilde grupo. Um dia, Leon recebe uma proposta pra concertar uma das armaduras genéticas na área proibida para os Especiais. As coisas, porém, saem do controle quando eles, sem querer, se envolvem no meio de um ataque de um grupo extremistas que não aceita a segregação gerada pelo aperfeiçoamento genético. Agora, Leon e Chloe irão, do seu jeito, lutar por justiça contra políticos corruptos que exploram e incentivam a disparidade genética. A dupla arriscará tudo para desafiar esse sistema opressivo.