A Hora do Mal acompanha o misterioso e inexplicável desaparecimento de 17 crianças de uma mesma turma, a classe da professora Gandy (Julia Garner). Numa noite qualquer, exatamente às 2h17 da madrugada, todos os alunos da sala de Gandy acordaram, fugiram de suas casas por livre e espontânea vontade e sumiram – com exceção de um único jovem, o tímido Alex Lilly. Sem nenhum sinal de arrombamento, violência ou sequestro, a cidade inteira passa a exigir respostas sobre o que pode ter acontecido naquela noite. Quem ou o que pode estar por trás deste estranho evento? Gandy vira o principal alvo do escrutínio público, já que todos os moradores do pequeno subúrbio acreditam que ela é a responsável pelo caso. Ao mesmo tempo, uma cidade em luto tenta seguir com sua rotina enquanto os pais lutam para desvendar o que ocorreu e as autoridades buscam por informações pela cidade.