Uma missão importante e confidencial é comprometida por um passageiro indesejado num avião a mais de 3000 mil metros de altura. Em Ameaça no Ar, um piloto (Mark Wahlberg) é responsável por transportar Madolyn Harris (Michelle Dockery) uma profissional da Força Aérea que acompanha um depoente que estava foragido nas montanhas até seu julgamento. Ele é uma testemunha chave num caso contra uma família de mafiosos. À medida que atravessam o Alasca em pleno ar, a viagem se torna um pesadelo em altitude de cruzeiro e a tensão aumenta exponencialmente quando, aparentemente, nem todos a bordo realmente são quem dizem ser. Com os planos comprometidos e as coisas totalmente fora do controle, o avião fica no ar sem coordenadas, testando os limites dos três passageiros. Será que eles conseguirão sair vivos dessa armadilha? Será que as consequências de seus atos serão ainda mais graves quando a aeronave tocar o chão?