Após os eventos de As Tartarugas Ninja: Caos Mutante, as Tartarugas Ninja enfrentam uma nova fase de suas vidas. Agora, como adolescentes, além de lutar contra vilões, precisam lidar com as pressões do ensino médio na agitada cidade de Nova York. A série acompanha os irmãos Leonardo, Raphael, Donatello e Michelangelo em suas aventuras, onde são desafiados de maneiras inesperadas. Pela primeira vez, eles são separados, enfrentando sozinhos o vilão Bishop, que deseja erradicar todos os mutantes. Enquanto lidam com a solidão e as dificuldades de estarem distantes, eles precisam aprender a confiar em si mesmos e a valorizar seus laços familiares. No segundo arco, as Tartarugas se deparam com uma nova ameaça: os mutantes aquáticos conhecidos como East River Three. Entre as batalhas e os dilemas da adolescência, os irmãos se veem desafiados a descobrir quem realmente são quando não têm os outros para apoiar. A série mistura ação e humor, trazendo novas ameaças e explorando o crescimento pessoal das Tartarugas, enquanto continuam a lutar pela proteção dos mutantes e da cidade.